【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

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但是该方法存在一个很大的问题，那就是当x轴标签数量很多时，那么就无法通过这样的方法进行解决了。方法二是方法一的逆向思路，既然可以调大画布，那么反过来，我们也可以调小x轴标签字体。

最近小Q在做自然选择分析，分析完之后简单粗暴的对候选基因做了富集分析，并做了展示，比起气泡图，我模仿了另一种作图方式，显示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R语言画富集分析示意图（非气泡图）。

【R画图】GOplot

1、ggplot2是R语言第三方可视化扩展包，在某种程度上它基本代替了R可视化。该包是RStudio首席科学家Hadley Wickham读博期间的作品，它强大的画图逻辑使得它称为R最流行的包之一。更多知识分享请到 https：//zouhua.top/ 。

2、最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

3、plot是R中的基本画图工具，直接plot(x)，x为一个数据集，就能画出图。细节往往制胜的关键，所以就详细来看下plot的所有可设置参数及参数设置方法。

如何用R语言画图

利用R包rworldmap & rworldxtra来作图。已有的map数据中一个国家对应一个坐标，一个国家边界，利用这些已有数据+用户数据构建新的画图数据（其他新添加的图均是如此）。

最好的方法是创建一个脚本文件然后用命令调用设备驱动程序(通常是pdf或者png格式)，运行绘图代码，然后用一个dev.off() 结束命令。

匿名参数是类型名称，col，lty，pch 是对应的颜色，线类型，和点类型。

这里主要介绍下在R语言中绘制地图的个人琢磨的思路。绘制地图步骤有三：你得需要绘制地图；(约等于废话)你得有要绘制地图的地理信息，经纬度啊，边界啊等等；你得利用2的数据在R中画出来。

首先，下载并安装好R软件。打开R软件，可以看到R软件主窗口。2 为了方便编辑代码，一般不在主窗口直接输入程序。我们可以点击“文件——新建程序脚本”，出现R编辑器。我们将在此输入需要运行的命令。3 使用因子格式输入数据。

这里，我们采用了stripchart函数以及RColorBrewer包来添加数据点并调整颜色。注意，此时应当利用boxplot函数里面的内置参数names设置每个箱线图的特征名。并且将stripchart函数里面的数据用列表并起来。

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